Publikasjoner
NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.
2019
Forfattere
Marit JørgensenSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Katrin ZimmerSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Dario Isidro Ojeda Alayon Tiina M. Mattila Tom Ruttink Sonja T. Kujala Katri Kärkkäinen Jukka-Pekka Verta Tanja PyhäjärviSammendrag
Compared to angiosperms, gymnosperms lag behind in the availability of assembled and annotated genomes. Most genomic analyses in gymnosperms, especially conifer tree species, rely on the use of de novo assembled transcriptomes. However, the level of allelic redundancy and transcript fragmentation in these assembled transcriptomes, and their effect on downstream applications have not been fully investigated. Here, we assessed three assembly strategies for short-reads data, including the utility of haploid megagametophyte tissue during de novo assembly as single-allele guides, for six individuals and five different tissues in Pinus sylvestris. We then contrasted haploid and diploid tissue genotype calls obtained from the assembled transcriptomes to evaluate the extent of paralog mapping. The use of the haploid tissue during assembly increased its completeness without reducing the number of assembled transcripts. Our results suggest that current strategies that rely on available genomic resources as guidance to minimize allelic redundancy are less effective than the application of strategies that cluster redundant assembled transcripts. The strategy yielding the lowest levels of allelic redundancy among the assembled transcriptomes assessed here was the generation of SuperTranscripts with Lace followed by CD-HIT clustering. However, we still observed some levels of heterozygosity (multiple gene fragments per transcript reflecting allelic redundancy) in this assembled transcriptome on the haploid tissue, indicating that further filtering is required before using these assemblies for downstream applications. We discuss the influence of allelic redundancy when these reference transcriptomes are used to select regions for probe design of exome capture baits and for estimation of population genetic diversity.
Forfattere
Eva Narten HøbergSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Finn-Arne HaugenSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Bjørn Egil FløSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Pia Heltoft Thomsen Karin Juul Hesselsøe Trygve S. Aamlid Karin Normann Bjarni Hannesson Kemeng XiaoSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Sammendrag
Påkjørsel av tamrein og andre beitedyr er et stadig økende problem både i nordiske land og i Europa for øvrig. I Norge har mer enn 3000 tamrein blitt påkjørt av tog de siste 10 år og dette medfører store dyrelidelser og samfunnsøkonomiske kostnader. Formålet med vårt prosjekt var å teste driftssikkerhet og virkning av et nytt elektronisk reinvarslingssystem langs vei vinterstid. Et viktig delmål i prosjektet var å redusere antall kollisjoner mellom kjøretøyer og tamrein. Varslingssystemet er basert på radiobølger (805.15.4 866MHz). Reinsenderen er på størrelse med en tjuekroning og har en estimert batterikapasitet på 5 år. Støpt inn i en halsklave sender den radiosignaler med rekkevidde på ca. 100 meter. Det ble satt opp 41 mottakere i 2018 og 39 mottakere i 2019 på stikker langs en 4,5 km teststrekning på E6 over Saltfjellet. Disse mottakerne er utstyrt med røde lysdioder som begynner å blinke når reinen nærmer seg. Over 500 voksne reinsimler ble instrumentert med halsklaver og radiosendere i løpet av de to årene som utprøvingen foregikk. Funksjonaliteten av varslingssystemet ble kontrollert og loggført fire ganger i 2018 og ukentlig i 2019 (18 ganger) i løpet av testperiodene. Det ble samtidig lagret datalogg over sendere som hadde aktivert mottakere med SIM kort. En fartsmåler ble i tillegg satt opp i nærheten av teststrekningen i 2019......
Forfattere
Geir-Harald StrandSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag
Forfattere
Arne BardalenSammendrag
Det er ikke registrert sammendrag