Publikasjoner

NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.

2020

Til dokument

Sammendrag

The lumpfish Cyclopterus lumpus is commercially exploited in numerous areas of its range in the North Atlantic Ocean, and is important in salmonid aquaculture as a biological agent for controlling sea lice. Despite the economic importance, few genetic resources for downstream applications, such as linkage mapping, parentage analysis, marker-assisted selection (MAS), quantitative trait loci (QTL) analysis, and assessing adaptive genetic diversity are currently available for the species. Here, we identify both genome- and transcriptome-derived microsatellites loci from C. lumpus to facilitate such applications. Across 2,346 genomic contigs, we detected a total of 3,067 microsatellite loci, of which 723 were the most suitable ones for primer design. From 116,555 transcriptomic unigenes, we identified a total of 231,556 microsatellite loci, which may indicate a high coverage of the available STRs. Out of these, primer pairs could only be designed for 6,203 loci. Dinucleotide repeats accounted for 89 percent and 52 percent of the genome- and transcriptome-derived microsatellites, respectively. The genetic composition of the dominant repeat motif types showed differences from other investigated fish species. In the genome-derived microsatellites AC/GT (67.8 percent), followed by AG/CT (15.1 percent) and AT/AT (5.6 percent) were the major motifs. Transcriptome-derived microsatellites showed also most dominantly the AC/GT repeat motif (33 percent), followed by A/T (26.6 percent) and AG/CT (11 percent). Functional annotation of microsatellite-containing transcriptomic sequences showed that the majority of the expressed sequence tags encode proteins involved in cellular and metabolic processes, binding activity and catalytic reactions. Importantly, STRs linked to genes involved in immune system process, growth, locomotion and reproduction were discovered in the present study. The extensive genomic marker information reported here will facilitate molecular ecology studies, conservation initiatives and will benefit many aspects of the breeding programmes of C. lumpus.

Til dokument

Sammendrag

Siden 2005 har populasjonen av grenseoverskridene brunbjørn (Ursus arctos) i Trilateral Park Pasvik-Inari-Pechenga (Norge-Finland-Russland) blitt overvåket ved å bruke genetiske analyser av hår og ekskrement-prøver samlet inn opportunistisk i felt. En mer systematiske metode med hårfeller hvert fjerde år ble i 2007 startet opp for å samle inn bjørnehår til genetisk analyse. Metoden består i å sette ut 56 hårfeller med luktstoff i Norge, Finland og Russland i et 5 x 5 km2 rutenett (totalt ca. 1400 km2). Dette prosjektet ble gjentatt i 2011, 2015 og nå i sesongen 2019 med 58 ruter og ved bruk av samme metode som i 2007. I 2019 sesongen ble det samlet inn 182 prøver, der 66 av disse var fra Finland, 59 fra Norge og 57 fra Russland. For 144 (79,1 %) av de 182 hårprøvene var det positivt resultat i den bjørne-spesifikke analysen, og en komplett DNA profil kunne bestemmes for 136 av de positive prøvene. Det ble totalt påvist 47 forskjellige bjørner (25 hunner og 22 hanner). Av disse 47 individene var 24 påvist i tidligere år, mens 23 var til nå ukjente bjørner. Totalt ble det påvist 20 bjørner i Finland, 14 bjørner i Norge og 16 bjørner i Russland...

Sammendrag

Gjennom det nasjonale overvåkingsprogrammet for rovvilt i Norge ble det i 2019 samlet inn prøver til DNA analyse med antatt opphav fra brunbjørn (Ursus arctos) for ellevte år på rad. Av de 1229 prøvene som ble samlet inn i 2019, ble 1207 prøver inkludert i den genetiske analysen (716 ekskrementprøver, 475 hårprøver, 15 vevsprøver og 1 urinprøve) og 60 % var positive for brunbjørn. Totalt gav 610 prøver (51 %) en full DNA-identitet, og det ble fra disse prøvene påvist 148 ulike bjørner; 57 hunnbjørner og 91 hannbjørner. Dette var en økning på 7 % (10 individer) sammenlignet med 2018. Dette er det høyeste antallet brunbjørn registrert siden 2013. Forekomsten av brunbjørn var hovedsakelig konsentrert i fylkene Finnmark (61), Hedmark (42) og Trøndelag (34) som tidligere. Av det totale antallet bjørner påvist i 2019 var 66 % (98 individer) tidligere påvist i Norge, noe som utgjør en økning i gjenfunn på 7 % i forhold til i fjor. Om man inkluderer gjenfunn fra Sverige, Finland og Russland utgjør det totale antallet gjenfunn 104 individer (70 %). Estimatet på landsbasis for 2019 på 7,0 årlige ynglinger var det nest høyeste anslaget siden overvåkningen startet i 2009, men en liten nedgang fra 2018 hvor estimatet lå på 7,7 årlige ynglinger. De estimerte årlige ynglingene i 2019 fordeler seg med 2,5 i rovviltregion 5 (Hedmark), 1,9 i region 6 (Trøndelag) og 2,6 i region 8 (Troms og Finnmark).

Til dokument

Sammendrag

DNA-overvåkning av brunbjørn i et 400 km2 stort område nær Karasjok i Finnmark ble utført med hårfeller med luktstoff i 2 måneder fra juni til august i 2019. Vi brukte et 5 x 5 km rutesystem med 16 ruter med én hårfelle i hver rute, og der hårfellen ble flyttet etter en måned til en annen lokalitet i samme rute. Det ble samlet inn 72 hårprøver fra hårfellene, og DNA-analysen i laboratoriet på Svanhovd viste at 54 av hårprøvene var positive (75 %) for brunbjørn. Av disse prøvene var det 45 prøver med en fullstendig identifiserende DNA-profil som viste totalt 9 ulike bjørner (0,23 bjørn/10 km2). Kjønnsfordelingen blant de 9 bjørneindividene viste 7 hannbjørner og 2 hunnbjørner. Av disse 9 bjørnene var 8 bjørner tidligere påvist, og en av de to hunnbjørnene var ny. Utvidet DNA-analyse med flere genetiske markører viste at 7 av bjørnene er nært beslektet, og der hunnbjørnen FI57 (påvist første gang i 2005) kan være mor til 5 hannbjørner med to ulike fedre. Bjørnene påvist i dette hårfelleprosjektet kan være viktig informasjon for lokalsammfunnet i Karasjok, da 7 av disse 9 bjørnene ikke ble påvist samme år igjennom det nasjonale vervåkningsprosjektet for brunbjørn i Norge.

2019

Sammendrag

Habitat discontinuity, anthropogenic disturbance, and overharvesting have led to population fragmentation and decline worldwide. Preservation of remaining natural genetic diversity is crucial to avoid continued genetic erosion. Brown trout (Salmo trutta L.) is an ideal model species for studying anthropogenic influences on genetic integrity, as it has experienced significant genetic alterations throughout its natural distribution range due to habitat fragmentation, overexploitation, translocations, and stocking. The Pasvik River is a subarctic riverine system shared between Norway, Russia, and Finland, subdivided by seven hydroelectric power dams that destroyed about 70% of natural spawning and nursing areas. Stocking is applied in certain river parts to support the natural brown trout population. Adjacent river segments with different management strategies (stocked vs. not stocked) facilitated the simultaneous assessment of genetic impacts of dams and stocking based on analyses of 16 short tandem repeat loci. Dams were expected to increase genetic differentiation between and reduce genetic diversity within river sections. Contrastingly, stocking was predicted to promote genetic homogenization and diversity, but also potentially lead to loss of private alleles and to genetic erosion. Our results showed comparatively low heterozygosity and clear genetic differentiation between adjacent sections in nonstocked river parts, indicating that dams prevent migration and contribute to genetic isolation and loss of genetic diversity. Furthermore, genetic differentiation was low and heterozygosity relatively high across stocked sections. However, in stocked river sections, we found signatures of recent bottlenecks and reductions in private alleles, indicating that only a subset of individuals contributes to reproduction, potentially leading to divergence away from the natural genetic state. Taken together, these results indicate that stocking counteracts the negative fragmentation effects of dams, but also that stocking practices should be planned carefully in order to ensure long‐term preservation of natural genetic diversity and integrity in brown trout and other species in regulated river systems.

Sammendrag

Gjennom det nasjonale overvåkingsprogrammet for rovvilt i Norge ble det i 2018 samlet inn prøver til DNA analyse med antatt opphav fra brunbjørn (Ursus arctos) for tiende år på rad. Av de 1007 prøvene som ble samlet inn i 2018, ble 984 prøver inkludert i den genetiske analysen (720 ekskrementprøver, 252 hårprøver og 12 vevsprøver) og 53 % var positive for brunbjørn. Totalt gav 447 prøver (45 %) en full DNA-identitet, og det ble fra disse prøvene påvist 138 ulike bjørner; 63 hunnbjørner og 75 hannbjørner. Dette er en økning på 10 % (13 individer) sammen-lignet med 2017, mens kjønnsfordelingen bare har endret seg med 2% i samme periode. Dette er det høyeste antallet brunbjørn registrert siden 2013, og det høyeste antallet hunnbjørn regi-strert siden overvåkningen startet i 2009. Forekomsten av brunbjørn er hovedsakelig konsentrert i fylkene Finnmark (49), Hedmark (44) og Trøndelag (32) som tidligere. Av det totale antallet bjørner påvist i 2018 er 59 % (81 individer) tidligere påvist i Norge, noe som utgjør en reduksjon i gjenfunn på 6 % i forhold til i fjor. Dette er den laveste andelen gjenfunn siden 2009. Om man inkluderer gjenfunn fra Sverige, Finland og Russland utgjør det totale antallet gjenfunn 87 indi-vider (63 %). Estimatet for 2018 på 7,7 ynglinger er det høyeste anslaget siden overvåkningen startet i 2009, og er en økning fra 2017 hvor estimatet lå på 6,9 ynglinger. I rovviltregion 5 (Hedmark) ligger antallet estimerte ynglinger i år, som i fjor, over bestandsmålet på 3 årlige ynglinger. De andre rovviltregionene ligger under bestandsmålet i 2018.

Til dokument

Sammendrag

Background The populations of brown bear (Ursus arctos) in northern Europe have been recovering or are in the process of recovery from a severe demographic bottleneck. Especially in the main popula- tions of Scandinavia and Finland, the number of individuals has been increasing substantially, compared to the population sizes estimated 20 years ago. Also, the populations have spatially expanded, putatively restoring connectivity and gene flow between these two, formerly separated populations. The Swedish Environmental Protection Agency (Naturvårdsverket) assigned a pro- ject to assess the connectivity and gene flow between the eastern and western parts of Fen- noscandia, Finland and Scandinavia. Objective Our objective was to detect possible immigration of brown bears from eastern Fennoscandia, specifically Finland, into Scandinavia. Material and Methods For the first time with continuous sampling of brown bears, we assessed the population genetic structure and gene flow between the brown bear populations of Scandinavia and Finland. We based our analyses on the dispersing sex, male brown bears, as females tend to be philopatric. Our target area was the county of Norrbotten in northern Sweden, at the border to Finland and Norway, representing the most likely area for potential eastern immigrants into Sweden. Previous research did not reveal any influx from Finland into Sweden. However, brown bear samples from Norrbotten have to a very limited degree been included in earlier studies on genetic connectivity in the area. In addition to a large number of samples from Norrbotten and northern Finland, we included genotypes sampled in regions surrounding the target area: Västerbotten in Sweden, Troms and Finnmark in Norway and southern Finland. We utilized all samples and genotypes from male bears available, and, also, genotyped recently collected samples of male brown bears from the study area. Analyses on population genetic structure and gene flow among regions were based on 924 individual male brown bear STR-genotypes (12 short tandem repeats or microsatellite markers). In order to reveal patterns of male dispersal and the distribution of male linages we used brown bear samples genotyped with nine Y-chromosomal STRs from 826 males. KEY WORDS : connectivity, european brown bear, Fennoscandia, Finland, male gene flow, migration, population genetic structure, Scandinavia, Ursus arctos NØKKELORD : europeisk brunbjørn, Fennoskandia, Finland, genflyt, konnektivitet, migrasjon, populasjons genetisk struktur, Skandinavia, Ursus arctos