Publikasjoner

NIBIOs ansatte publiserer flere hundre vitenskapelige artikler og forskningsrapporter hvert år. Her finner du referanser og lenker til publikasjoner og andre forsknings- og formidlingsaktiviteter. Samlingen oppdateres løpende med både nytt og historisk materiale. For mer informasjon om NIBIOs publikasjoner, besøk NIBIOs bibliotek.

2020

Til dokument

Sammendrag

The lumpfish Cyclopterus lumpus is commercially exploited in numerous areas of its range in the North Atlantic Ocean, and is important in salmonid aquaculture as a biological agent for controlling sea lice. Despite the economic importance, few genetic resources for downstream applications, such as linkage mapping, parentage analysis, marker-assisted selection (MAS), quantitative trait loci (QTL) analysis, and assessing adaptive genetic diversity are currently available for the species. Here, we identify both genome- and transcriptome-derived microsatellites loci from C. lumpus to facilitate such applications. Across 2,346 genomic contigs, we detected a total of 3,067 microsatellite loci, of which 723 were the most suitable ones for primer design. From 116,555 transcriptomic unigenes, we identified a total of 231,556 microsatellite loci, which may indicate a high coverage of the available STRs. Out of these, primer pairs could only be designed for 6,203 loci. Dinucleotide repeats accounted for 89 percent and 52 percent of the genome- and transcriptome-derived microsatellites, respectively. The genetic composition of the dominant repeat motif types showed differences from other investigated fish species. In the genome-derived microsatellites AC/GT (67.8 percent), followed by AG/CT (15.1 percent) and AT/AT (5.6 percent) were the major motifs. Transcriptome-derived microsatellites showed also most dominantly the AC/GT repeat motif (33 percent), followed by A/T (26.6 percent) and AG/CT (11 percent). Functional annotation of microsatellite-containing transcriptomic sequences showed that the majority of the expressed sequence tags encode proteins involved in cellular and metabolic processes, binding activity and catalytic reactions. Importantly, STRs linked to genes involved in immune system process, growth, locomotion and reproduction were discovered in the present study. The extensive genomic marker information reported here will facilitate molecular ecology studies, conservation initiatives and will benefit many aspects of the breeding programmes of C. lumpus.

Til dokument

Sammendrag

Siden 2005 har populasjonen av grenseoverskridene brunbjørn (Ursus arctos) i Trilateral Park Pasvik-Inari-Pechenga (Norge-Finland-Russland) blitt overvåket ved å bruke genetiske analyser av hår og ekskrement-prøver samlet inn opportunistisk i felt. En mer systematiske metode med hårfeller hvert fjerde år ble i 2007 startet opp for å samle inn bjørnehår til genetisk analyse. Metoden består i å sette ut 56 hårfeller med luktstoff i Norge, Finland og Russland i et 5 x 5 km2 rutenett (totalt ca. 1400 km2). Dette prosjektet ble gjentatt i 2011, 2015 og nå i sesongen 2019 med 58 ruter og ved bruk av samme metode som i 2007. I 2019 sesongen ble det samlet inn 182 prøver, der 66 av disse var fra Finland, 59 fra Norge og 57 fra Russland. For 144 (79,1 %) av de 182 hårprøvene var det positivt resultat i den bjørne-spesifikke analysen, og en komplett DNA profil kunne bestemmes for 136 av de positive prøvene. Det ble totalt påvist 47 forskjellige bjørner (25 hunner og 22 hanner). Av disse 47 individene var 24 påvist i tidligere år, mens 23 var til nå ukjente bjørner. Totalt ble det påvist 20 bjørner i Finland, 14 bjørner i Norge og 16 bjørner i Russland...

Til dokument

Sammendrag

Wildlife managers conduct population inventories to monitor species, particularly those at-risk. Although costly and time consuming, grid-based DNA hair-snag sampling has been the standard protocol for grizzly bear inventories in North America, while opportunistic fecal DNA sampling is more commonly used in Europe. Our aim is to determine if low-cost, low-effort scat sampling along roads can replace the current standard. We compare two genetic non-invasive techniques using concurrent sampling within the same grid system and spatially explicit capture–recapture. We found that given our methodology and the present status of fecal genotyping for grizzly bears, scat sampling along roads cannot replace hair sampling to estimate population size in low-density areas. Hair sampling identified the majority of individual grizzly bears, with a higher success rate of individuals identified from grizzly bear samples (100%) compared to scat sampling (14%). Using scat DNA to supplement hair data did not change population estimates, but it did improve estimate precision. Scat samples had higher success identifying species (98%) compared with hair (80%). Scat sampling detected grizzly bears in grid cells where hair sampling showed non-detection, with almost twice the number of cells indicating grizzly bear presence. Based on our methods and projected expenses for future implementation, we estimated an approximate 30% cost reduction for sampling scat relative to hair. Our research explores the application of genetic non-invasive approaches to monitor bear populations. We recommend wildlife managers continue to use hair-snag sampling as the primary method for DNA inventories, while employing scat sampling as supplemental to increase estimate precision. Scat sampling may better indicate presence of bear species through greater numbers and spatial distribution of detections, if sampling is systematic across the entire area of interest. Our findings speak to the management of other species and regions, and contribute to ongoing advances of monitoring wildlife populations.

Sammendrag

Gjennom det nasjonale overvåkingsprogrammet for rovvilt i Norge ble det i 2019 samlet inn prøver til DNA analyse med antatt opphav fra brunbjørn (Ursus arctos) for ellevte år på rad. Av de 1229 prøvene som ble samlet inn i 2019, ble 1207 prøver inkludert i den genetiske analysen (716 ekskrementprøver, 475 hårprøver, 15 vevsprøver og 1 urinprøve) og 60 % var positive for brunbjørn. Totalt gav 610 prøver (51 %) en full DNA-identitet, og det ble fra disse prøvene påvist 148 ulike bjørner; 57 hunnbjørner og 91 hannbjørner. Dette var en økning på 7 % (10 individer) sammenlignet med 2018. Dette er det høyeste antallet brunbjørn registrert siden 2013. Forekomsten av brunbjørn var hovedsakelig konsentrert i fylkene Finnmark (61), Hedmark (42) og Trøndelag (34) som tidligere. Av det totale antallet bjørner påvist i 2019 var 66 % (98 individer) tidligere påvist i Norge, noe som utgjør en økning i gjenfunn på 7 % i forhold til i fjor. Om man inkluderer gjenfunn fra Sverige, Finland og Russland utgjør det totale antallet gjenfunn 104 individer (70 %). Estimatet på landsbasis for 2019 på 7,0 årlige ynglinger var det nest høyeste anslaget siden overvåkningen startet i 2009, men en liten nedgang fra 2018 hvor estimatet lå på 7,7 årlige ynglinger. De estimerte årlige ynglingene i 2019 fordeler seg med 2,5 i rovviltregion 5 (Hedmark), 1,9 i region 6 (Trøndelag) og 2,6 i region 8 (Troms og Finnmark).

Til dokument

Sammendrag

DNA-overvåkning av brunbjørn i et 400 km2 stort område nær Karasjok i Finnmark ble utført med hårfeller med luktstoff i 2 måneder fra juni til august i 2019. Vi brukte et 5 x 5 km rutesystem med 16 ruter med én hårfelle i hver rute, og der hårfellen ble flyttet etter en måned til en annen lokalitet i samme rute. Det ble samlet inn 72 hårprøver fra hårfellene, og DNA-analysen i laboratoriet på Svanhovd viste at 54 av hårprøvene var positive (75 %) for brunbjørn. Av disse prøvene var det 45 prøver med en fullstendig identifiserende DNA-profil som viste totalt 9 ulike bjørner (0,23 bjørn/10 km2). Kjønnsfordelingen blant de 9 bjørneindividene viste 7 hannbjørner og 2 hunnbjørner. Av disse 9 bjørnene var 8 bjørner tidligere påvist, og en av de to hunnbjørnene var ny. Utvidet DNA-analyse med flere genetiske markører viste at 7 av bjørnene er nært beslektet, og der hunnbjørnen FI57 (påvist første gang i 2005) kan være mor til 5 hannbjørner med to ulike fedre. Bjørnene påvist i dette hårfelleprosjektet kan være viktig informasjon for lokalsammfunnet i Karasjok, da 7 av disse 9 bjørnene ikke ble påvist samme år igjennom det nasjonale vervåkningsprosjektet for brunbjørn i Norge.

Til dokument

Sammendrag

Members of the smoothhound shark genus Mustelus display a widespread distribution pattern across ocean basins with a high degree of sub-regional endemism. The patterns and processes that resulted in smoothhound biodiversity and present-day distribution remain largely unknown. We infer the phylogenetic relationships of the genus Mustelus, based on sequence data (3474 bp) from three mitochondrial genes (CR, NADH-2 and 12S-16SrRNA) and a nuclear gene (KBTBD2) from seven species of Mustelus distributed across the eastern Atlantic- and Indo-Pacific oceans. Using the CR and KBTBD2 dataset, we infer the phylogeographic placement of Old World Mustelus, with particular reference to species from southern Africa. Using a near-complete phylogeny of the genus including Old World and New World species of Mustelus and publicly available sequences of the NADH-2 gene, we found supporting evidence indicating a major cladogenic event separating placental and aplacental species. Biogeographical analyses further revealed that the radiation of Mustelus in the southern African region was driven primarily by long-distance dispersal during the upper Miocene to lower Pleistocene. The placement of the placental blackspotted smoothhound Mustelus punctulatus at the base of the placental non-spotted clade suggests the secondary loss of black spots in the genus, and this was also supported by the ancestral state reconstruction. The results furthermore suggest that the Southern Hemisphere species of the genus arose from multiple separate dispersal events from the Northern Hemisphere which is in line with the earliest record of Mustelus in the Northern Hemisphere.